El instituto Honnoji es un centro en el que reina el terror, el cual es impartido por el consejo estudiantil cuya presidenta, Satsuki Kiryuin, usa poderosos uniformes para acabar con cualquiera que se cruce en su camino. Tras sufrir una aplastante derrota a manos de Satsuki, Ryuko considera que ha llegado la hora de empezar a usar un uniforme escolar poseído, Senketsu, que le otorga habilidades especiales. Es el momento de que Ryuko acabe con la tiranía de Satsuki y del consejo estudiantil para no sólo liberar al instituto Honnoji de su mano de hierro, sino también para descubrir la verdad que se esconde tras la muerte de su padre.